Usando Yakuake para Arch Linux me encontré con que al abrir una nueva pestaña no se abre en el directorio “actual” por lo que busqué un poco en internet y basándome en esta página (ACIDBOURBON) realizé un pequeño script que (agregandolo a tu .bashrc o .zshrc) guarda tu directorio actual y después lo usa cada vez que se inicia una nueva instancia de Yakuake.